并积极联络兖州各小股黄巾军，在他们的支持下，兖州大量的县城被攻克，劫掠到了大量的财富。

由于采用兵民分离的管理办法，使得黄巾军的战斗力大幅提升，西北到东阿，西南到任城，皆在他们的掠夺范围之内，当地士绅官吏全部逃走，无人能敌。

卜己让他们往泰山郡转移，实力壮大的非常快，已有三十多万人。

并在泰山山区内部修筑二十座营寨和物资仓库，把家属全部转移到营寨内居住，在茌县只驻扎军队，实行军事化管理。

皇甫嵩进入兖州清缴黄巾军，更是帮了卜己的大忙，小股黄巾军蜂拥而至，寻求庇护。

渠帅卜己来者不拒，全部接纳，不过要按照他的规矩来，对所有黄巾军进行整编，选出精兵、正规兵和辅兵，然后把家属安置到泰山山脉里的营寨内。

那些小股黄巾军的小帅，分别都担任了正规兵的小头目，且他们的家属都得到了一视同仁的安置，全部接受卜己的安排。

兖州济北国国王和国相等逃到黄河以北；东郡连郡治都迁到黄河北岸的东武阳县。大量兖州民众不是迁往黄河以北便是前往青州避难。

八月底，皇甫嵩到达茌县，卜己带兵撤回泰山山区，利用山势层层狙击。

皇甫嵩所带的官兵大部分为骑兵，不适合山区作战，强行攻击，必将损失惨重，只好暂停进攻，等待陛下的命令；兖州之战结束。

董卓在汝南郡斩杀彭脱，黄巾军四散逃离。董卓只好继续清缴其它各郡，解救被围的王允。在董卓和王允的联合打击之下，豫州黄巾贼迅速被平定。

只是没有其他官军不配合，忙着杀戮，获取战功，使得他没能完成袁司徒交代的任务，内心非常郁闷。

细心的王允从黄巾军中搜查到一封中常侍张让的宾客所写的书信，信中涉及一些与黄巾军有关的内容。王允也不计较利害关系，他怀疑张让与黄巾军私通，便进一步追查，把其中的具体细节全部揭发出来，并上书皇帝。

王允反被张让诬告而下狱。

徐州的官军实力不强，把黄巾军驱赶到琅琊郡和兖州泰山郡的南部后，官军再继续无反击之力；东莱郡黄巾大将黄龙已在琅琊郡发展壮大。