过了很久很久，数码兽因为无限制的进化与繁衍，数码兽们的资料容量大大超过了伊古德拉希尔的预料，数码世界面临巨大化宇宙规模的膨胀。数码世界的危机迫在眉睫！再这样下去，数码世界一定会崩溃的！

于是，为了稳定数码世界，伊古德拉希尔发布一道命令，这个计划名叫“方舟计划”，它执行使超过负荷的数码兽全部删除，把必要的“皇家骑士”及部份研究对象上传到了新的数码世界……

但是实验体中出现了变数，数码世界并没有完全被“删除”。并且变成了三个部分—— 充满恐龙类的古代种数码兽的“过去”，诞生了不同种类数码兽的“现在”，以及有大量人工智能进化种类数码兽的“未来”所构成。

新世界诞生了。

但是新世界留下了许多旧世界的投影，例如沙巴大陆的原钢铁帝国，恐龙古代境的原龙之领域，亦或者新数码世界第一任的王——光明兽碎片的主天使兽，方舟计划遗留的产物——启示录兽。

原本较为平衡的世界被启示录兽再次打乱，新世界的主宰者主天使兽堕落了。

但为了维持新数码世界的平衡避免他走上旧世界的路，主天使兽在临死前把自己鼎盛时期的力量分成九份并藏到不同的地方，但因为他失败而亡导致力量的残缺，所以有一个徽章是不完全的。

虽然没有了主天使兽，但这个世界还需要维持，于是四天王出现了。

他们在数码世界把这股力量搜集了出来制作了八个容器叫做徽章的东西封印主天使兽的力量，但是主天使兽遗留下来的棋子玄内却不甘心主天使兽的统治结束就把徽章偷了出来但是最重要的光明徽章和唯一不完全的真实徽章却遗失了。

然后第一批被选召的孩子来到了数码世界。他们带上了四个徽章，成功封印了启示录兽，虽然只是暂时的。但是玄内认为若是所有的徽章都被解放了一定可以成功消灭启示录兽。